艾爾涅斯帝和亞黛爾楚為了保護遭到汙穢之獸攻擊的飛空船隊，先後墜落至博庫斯大樹海。兩人在此地遇見居住在樹海裡的其中一支巨人族——凱爾勒斯氏族，也因此逐漸捲入巨人族之間的紛爭。另一方面，銀鳳騎士團再次組成飛空船隊朝樹海深處進發。他們搜索騎士團長的行勤不久便帶來多方面影響，導致最大的巨人氏族——盧貝氏族採取行勤。面對其擁有壓倒性力量且率領汙穢之獸軍團侵略的暴行，艾爾等人召集了各氏族，計畫組成聯軍輿之對抗。

決定浮游大陸霸主的戰鬥，最終以哈耳庇厄們的國王──『龍王』和西方最強飛空船『飛龍戰艦林德姆』互相給予致命痛擊而平局收場。在瀰漫著戰鬥餘波的浮游大陸上，貪婪的商人暗中活躍。當他們的魔掌伸向大地中心時，毀滅的光芒形成柱子伸向天空，前所未有的強烈地震襲向整個大陸。不論是西方人還是哈耳庇厄，沒有腳下大地的支撐就無法生存。各方勢力皆身不由己地被捲入以光柱為中心的動盪之中。這時候，艾爾涅斯帝以將其修復為條件，劫持了飛龍戰艦，並正興高采烈地肆意擺布飛龍，順便前往調查事態。於是，接近光柱的艾爾等人很快就會知道，被視為噴出乙太的能量源頭，其真面目究竟是什麼──

以甲羅武德王國的侵略動作為開端，西方諸國掀起了戰爭。戰爭才剛開始，克沙佩加王國就面臨亡國危機，幸而在銀鳳騎士團的相助之下，才得以重新站起。另一方面，甲羅武德王國第二王子克里斯托瓦爾死於征戰，為了替王子報仇，老將多羅提歐展開行動。他駕駛前所未見的巨大兵器『飛龍戰艦』，朝新生克沙佩加王國展開猛烈攻擊。巨大兵器的外型模擬在西方理應早已絕跡的龍，施展猛烈的攻擊，使得剛重新站穩腳步的克沙佩加王國再度陷入窮途末路。面臨再次襲來的威脅，在埃莉諾女王的授意之下，銀鳳騎士團團長艾爾涅斯帝率領著騎士團前進戰場。而在戰場上等待著他們的究竟會是──!?

從西方諸國的戰爭中凱旋歸來的銀鳳騎士團，終於回到故鄉。他們帶來的戰利品——最新的飛行機器『飛空船』，在本國掀起軒然大波，可是艾爾本人卻對此盛況視若無睹，馬上投入飛行型幻晶騎士的開發之中。他們費盡辛勞、克服困難，成功地讓幻晶騎士飛上天空。藉由獲得飛空船並且創造出『飛翔騎士』，打開了通往蒼穹的道路。沒多久，以一支由飛翔騎士所組成的騎士團——紫燕騎士團的設立與成功為契機，王國將一切焦點集中到某個地方——

前往博庫斯大樹海的弗雷梅維拉王國飛空船隊，因碰上前所未見的魔獸而不得不撤退。由於艾爾與伊迦爾卡挺身奮戰，船隊得以順利逃離，艾爾自己卻和隨後追來的亞蒂一起墜落到森林裡，迷失了方向。在魔物森林中，等著他們的是一場出乎意料的相會──他們遭遇了「巨人族」。巨人氏族之間的鬥爭、所有生物的大敵『汙穢之獸』，以及暗中蠢動的小鬼族──席捲而來的戰爭逐漸將艾爾和亞蒂也牽連進去。兩人孤立無援，卻沒有放棄希望或停止行動。「我要在這裡建造幻晶騎士。」──被創造出的是驚天動地的異形機體，將朝著戰鬥的中心直飛而去！

隨著飛空船的登場，得以向無邊無際的天空進發的人們，不久便發現了飄浮在空中的廣闊大地。埃姆里思和阿奇德兩人被謠言激起了冒險心，前往空中大地，結果一抵達就被捲入了紛爭之中。阿奇德在戰鬥中從飛空船上墜落，救了他的是住在飄浮大陸上的有翼居民──哈耳庇厄。之後，阿奇德便與哈耳庇厄一起行動，同時也正面迎接沉睡於飄浮大陸上的重大秘密：源素晶石──這種飛空船不可或缺的物資就沉睡在這片大地之下。覬覦礦脈的各國接連登陸。有踩平大地的幻晶騎士大部隊、貪婪的商人，還有來自沉睡北地的巨人，檯面下更有黑騎士們暗中活動──在這片愈發混亂的飄浮大陸中，那個人終於出現了！

博庫斯大樹海的動亂平息後，銀鳳騎士團與巨人族一同啟程返回王都。巨人族以及襲擊了艾爾涅斯帝的第一次森伐遠征軍後裔──他們的存在對弗雷梅維拉王國來說猶如晴天霹靂。面對這令人猝不及防的事態，王國的人們已無法堅持既有的價值觀，只能往新的時代邁步前進。此外，銀鳳騎士團中也面臨了是否要另立門戶的抉擇時刻。此次事件後，國王里奧塔莫思愈發看重銀鳳騎士團的影響力，他要求艾德加、迪特里希以及海薇等人率領的各中隊獨立成為新的騎士團。 　　自願繼續留在艾爾涅斯帝麾下效力的人；希望獨當一面，接下騎士團長重任的人；還有以入團為目標的新人──承載著每個人的心思與想望，銀鳳騎士團即將迎來蛻變並重新展翅翱翔的時刻。

這個故事的主角──艾爾涅斯帝 那不侷限於常識的行動活得許多人的喜愛。 在第二集中，艾爾依然故我。 他毫無顧忌的行動不隻驚動學園，更發展爲震撼國家的大事件。 很多大人被迫奉陪12歲少年「隻是興趣」的突發奇想。 可是，那卻大大超出興趣的範圍，引發國家層級的大問題。 這列名爲艾爾的失控列車究竟會衝向何方？他的去向令人移不開目光。 沒錯。他的存在本身也許就是「超脫常軌」的。

艾爾涅斯帝創造出新型幻晶騎士。國王安布羅斯擔憂他的人身安全， 下令組成銀鳳騎士團保護他，並讓他有個一展長才的地方。艾爾涅斯帝今天也帶領騎士團，精力充沛地暴走著。他們建造的新型機已經徹底脫離人型，變成半人半馬的異形騎士，更進一步開發新型推進器，最後讓機體飛上了天空。他永無止境的暴走終將影響整個弗雷梅維拉王國。此時，安布羅斯也下定決心，要實現他們過去所做的某個約定。 艾爾涅斯帝迫不...

西方諸國掀起鐵與火焰的風暴。西方第一大國‧甲羅武德王國對另一個大國‧克沙佩加王國宣戰。黑鐵騎士蜂擁而至，敵國更將前所未見的航空兵器投入戰爭，使克沙佩加王國面臨亡國危機。混亂中，弗雷梅維拉王國第二王子埃姆里思為了援救在克沙佩加的伯母，挺身而出。在艾爾涅斯帝率領的銀鳳騎士團面前，不知為何出現了敵對的幻晶騎士，而且竟然是使用理應只有他們才擁有的最新技術機體。發現敵軍真正身分的銀鳳騎士團，堅定了對甲羅武德王國的敵意。為了打倒敵人、助友邦復國，艾爾涅斯帝駕著鎧甲武士，命它前往銀鳳騎士團──