U．C．0093年3月，隨著夏亞·亞茲納布爾攻擊地球的計畫被朗德·D1爾隊阻止，新吉恩與地球聯邦間的戰火亦逐漸平息。但聯邦始終未能完全統一地球圈，直至0100年．聯邦軍方以新吉恩殘黨及新奧古聯軍叛亂等事件為由，使SIDE3的吉恩共和國放棄自治權，而宣布已完全消滅戰亂，從此將建立一個安定、和平的地球圈。

然而，聯邦自身卻並無多大改善，一天天持續著向官僚主義及特權主義的墮落，甚至欲制訂法案，讓地球變成少數特權階級居住的場所。對了對付非法在地球居住的平民百姓，成立特殊警察「AIENHUNTER」用武力強行驅逐或乾脆實行殺戮。

在這種局面下，一位聯邦軍的老將軍匿名為庫瓦克·薩爾瓦，建立起秘密反政府組織「馬法狄·納比尤·艾林」(由蘇丹、阿拉伯及古愛爾蘭語合成的名字)，針對聯邦高官菜開了暗殺等一系列恐怖活動。聯邦軍內素有聲望的布萊德大校之子哈薩維·諾亞，也加入了這一組織，並擔任重要職責。。。。。

在虛構紀元宇宙世紀中的第二次新吉翁戰爭之後，為了對抗地球聯邦內部不斷深化的腐敗現象，繼承了阿姆羅·雷和夏亞·阿茲納布爾二人思想的青年哈薩維·諾亞決定帶領反地球聯邦政府組織「馬法狄」向地球聯邦舉起反抗的旗幟。

在之後的行動中，哈薩維與聯邦軍上校堅尼斯·斯萊格以及神秘的少女琪琪·安達露西亞相遇，使得三人的人生都發生了巨大的變化。

布萊特·諾亞的兒子哈薩維自稱馬夫提·納比尤·埃琳，並繼續暗殺聯邦政府高官。與此同時，聯邦的肯尼斯上校獲取了新型機動戰士佩內洛珮。他還帶著少女吉吉一起行動，給馬夫提施加壓力。為了想念哈薩維而離開肯尼斯身邊的吉吉卻遭遇到了悲劇......富野由悠季編寫的原創高達小說，震撼的高潮！?