在真正的敵人艾伯特的籌畫下，數不清的幻想生物從大樹誕生墜下。
面對這些侵蝕世界的存在，除有京花、耶麗絲、雷雷等人相助之外，
曾經為敵彼此交手過的涅克薩爾、禰鈴，甚至奇里榭也都為了守護SIREN攜手抵抗。
另一方面，感應到大樹的胎動，沉眠於飛兒體內的真天使菲歐拉米莉絲開始覺醒，
打算犧牲自身封印大樹──
「你明白了嗎，米索拉？所以說……這就是宿命。」
為了阻止真天使那悲壯的決心，潛藏於米索拉體內的「方程式」現在就要釋放真正的力量及作用。
體內存在著天使的少女與癒合世界的少年，兩人的故事步入佳境！
為了得到體內存在著真天使的少女──飛兒，福音機關的特務「銀之第一相」迪魯聶海特以及「紅之第二相」禰鈴於SIREN現身。理裝執行者接連敗在他們手下。另一方面，曾經為敵的「藍之第三相」涅克薩爾也來到米索拉的面前，從他口中卻聽到始料未及的內容──「我只要妹妹回到我身邊，除此之外別無所求。」其妹．禰鈴的內心遭機關給予的強大力量支配著，涅克薩爾全是為了救出她而戰，米索拉獲知他的想法便挺身與紅之第二相．禰鈴一戰。米索拉的方程式與涅克薩爾的新約召喚產生共鳴時，能夠打破禁錮的詛咒嗎？
SIREN第三衛星都市的特別警報鳴聲大作。打敗了好幾名理裝執行者的最強Ω指定種生化物──
代碼名「紅色標記」入侵，都市壟罩在恐懼之下。連中央統合樹都放棄追捕的史上最凶惡流浪個體。
其真實身分是極為特殊、絕不容許人類侵犯的「傳說中的龍人」。
「人類……你們到底要觸犯我的逆鱗多少次才甘願！」僅僅只因生化物與人類之間些許的誤解，
「她」失控了。 在其壓倒性的殘酷行徑下，米索拉重要的友人也一個接一個被打傷。
為了朋友、以及孤獨的「她」，米索拉挺身面對看不見勝算的戰鬥──
當人類的科學與神的幻想交錯時，天使的歌詠便隨之響起！
次世代（Biotesta）新生物——乃是再現龍或妖精等虛構物種的生命工學結晶。其最先端研究領域「SIREN」的學生米索拉遇見了一名彷徨街頭，實為天使型生化物的少女飛兒。她正在找尋創造者母親，而創造者的名字「安娜斯塔西亞」對米索拉來說，卻是再熟悉不過——
生化物飛兒是天才生命科學家安娜斯塔西亞創造出來的「天使調和體」。
「SIREN」的學生米索拉承其師志，決定守護飛兒。
然而這也意味他選擇與科學世界以及幻想世界雙方為敵。
某日，米索拉得知失控生化物「暴君」的運送計畫。
對科學世界以及幻想世界而言，「幻獸的不完全融合體」暴君是個無論如何都得封鎖住的存在。
米索拉則決意解放命運遭到世界任意玩弄的暴君。
這是因為暴君跟飛兒一樣，都是需要保護、拯救的存在──米索拉的「方程式」現在就要啟動！
『把伊莉斯交給我吧。到頭來，你根本就沒有能力扶持不完全神性機關。
能夠做到這點的，世界上只有我一個人。』
就讀於寶條軍事學校傭兵科的貧窮學生「凪」，是個煩惱該如何轉系到機械工程科的機械愛好者。
好不容易撐過暑假前的定期測驗，他受班上同學之邀，被迫前往海邊（當然，無能女管家伊莉斯也一起）。
享受著海洋風情的眾人，在那裡認識了一位名叫莎拉的少女。
備受眾人照顧的她，和凪獨處的時候卻忽然大叫「閉嘴，愚民」，並顯露出本性來──
企圖獲得伊莉斯的少女，其真正身分和目的究竟是！？
這是人類對上幽幻種的生存鬥爭。而用來決定領導地位的霸權戰爭中，帝國選擇的代表是就讀寶条軍事學校的貧窮學生，也就是我——凪。不用說，並非我個人的力量受到高度肯定，而是因為作為我家的沒用女管家、同時也是帝國最後王牌的伊莉斯搭檔而被選上。在霸權戰爭的舞台——凱旋都市安裘，我與身為伊莉斯製作者的尤米學姊再度碰面。尤米學姊跟小不點聖女紗砂、以及武宮唐那國的薩莉將霸權戰爭拋在一旁，陰謀進行著「伊甸計畫」。儘管我與伊莉斯被邀請加入計畫，此時「偵測到幽幻種的反應。敵方個體數一千五百至兩千」。連考慮答覆的時間都沒有，幽幻種展開了襲擊——
自願反叛人類並率領幽幻種的人型機械體「劍帝赫凱特」。
與其戰鬥的凪，如今正住院治療中。
在女管家伊莉斯奮不顧身的照料下，右手臂恢復得十分順利，但遭到劍帝襲擊的紗砂及尤米卻身受重傷。
幾人的「伊甸計畫」因而延宕下來。儘管一心希望儘快出院，與劍帝再度交手──
「劍帝委託我收集你的資料。」
意料之外的人物竟是站在劍帝的一方？
對方透露關於赫凱特的計畫究竟是？邁向樂園的最終局面即將展開！
凪和伊莉斯目睹的景象，是上億……不，數量遠在其上的幽幻種，
牠們深紅的雙眼所染紅的天空。這便是人類與幽幻種最終之戰的前兆。
在唯一的希望「冰結鏡界」完成為止的十二小時期間，凪一行人決定展開最後的抵抗。
席伊、委員長和蜜卡兒的大顯身手。機神們的聯手、聖女的沁力以及薩莉的超人力量。
眾人團結一致，眼看著儀式即將完成。然而──面對最後呈現的「絕望」，伊莉斯對凪這麼說：
「如果在這場戰鬥中能夠活下來……請讓我──」
跨越千年的感情。人類與人型機械體的故事終於完結！
四分之三個世界，是死亡的世界——
就讀於寶條軍事學校傭兵科的我——貧窮學生「凪」，是個煩惱該如何轉繫到機械工程科的機械愛好者。某一天，我在廢料堆當中發現一具少女外型的女管家（女僕）機器人，於是便立刻帶回家裡進行維修。
「早安，凪。」——醒來的「伊莉斯」對我這麼說道。明明是個女管家（女僕）機器人卻完全不會做家事，而且真實身分居然還是軍用的人型機械體！？不會吧！？
——麻煩不斷的同居生活＆失控連連的學園生活，然後是實體不明的侵略者「幽幻種」——以人類的最終兵器姿態「神性機關」覺醒的伊莉斯，世界的命運就此寄托在她身上！
終於和世界最強隊伍接觸！
潛入神秘法院總部的第6彈！
斐伊獲得巨神泰坦贈與隊名『受眾神的游戲之祝福者May‧Your‧Gods』。
依然籠罩在謎團之中的世界最強隊伍——『全魂匯集之聖座Mind‧Over‧Matter』，
為了確認其隊長海倫妮雅的真正意圖，斐伊帶著米蘭達事務長與烏洛波羅斯，朝著神秘法院總部前進。
「一年不見了，斐伊。」出現在他面前的，卻是斐伊前任隊伍的隊長——凱厄斯。
從他口中，斐伊得知了世界最強隊伍的真實樣貌與海倫妮雅的企圖——
延續太古流傳至今的眾神的游戲，斐伊的游戲正進入牽涉整個世界的全新局面！
人類 VS 眾神，至高無上的奇幻系鬥智競技！ 至高無上的眾神為了打發無聊而舉辦的究極鬥智競技──「眾神的遊戲」。從漫長冬眠中醒來的前神明少女蕾茜，一開口就做出如此宣言：「把這時代最會玩『遊戲』的人帶過來吧！」被帶來見她的是被譽為「近年最強新人」的少年斐伊。兩人一同挑戰的「眾神的遊戲」由於難度過高，尚未有人類成功通關。因為神明極為任性，非但不合理，有時還無法以常理來推斷。但是，正因如此有挑戰性，不打從心底樂於其中就太可惜了！天才遊戲少年、前神明少女與其他夥伴，合作挑戰最強神明的究極鬥智競技，即將開幕！
遊戲高手大集結！全面攻略無法逃脫的地城第 4 彈！ 參加迷宮遊戲後無法迴歸的奇妙現象在世界各地大量發生，斐伊等人與其他都市的遊戲高手一起前往進行救援。面對難度兇殘的迷宮攻略，斐伊等人靠著能反覆挑戰的重生系統與意外介入的「無敗之神」的壓倒性暴力，成功進行了存檔。然而，為了完全攻略，必須擊敗最終頭目，身為此迷宮最終頭目的神明卻似乎已處於死亡狀態。在看似陷入困境的攻略中，斐伊和蕾茜等人仍然充分利用他們的頭腦和手段，與其他隊伍合作，全力邁向完全攻略的目標。另一方面，在以破竹之勢推進「神明的遊戲」的斐伊面前，一尊意外的「神明」卻要出面阻礙 ──！
與神明隊展開遊戲對決！究極奇幻風鬥智競技第 5 彈！ 在攻略被視為不可能破關的迷宮後，斐伊受到多方關注，但也因此被「身份不明的神明」盯上。在這狀況下，作為測試，斐伊參加了以世界樹為舞臺的超大型遊戲。遊戲中遭遇的對手，竟是由多尊神明組成的聯合隊伍「神樹守護者」。在應付多尊神明的緊急狀況下，斐伊他們將與阿妮妲等人一起挑戰這個未知遊戲。同時，在迷宮事件中看穿幕後黑手的烏洛波羅斯，也與關注斐伊的其他神明接觸。圍繞著一名少年，世界將產生重大變化──！
連神明都能騙倒的斐伊的終極智略是！？超規模頭腦對決第 3 彈！ 結束與達克斯等人的激戰後，為了讓奈琉能加入隊伍，斐伊他們決定挑戰賭博之神。然而，奈琉不敵狡詐的賭博之神，反倒賠上斐伊的勝利數。不過，斐伊卻強勢宣稱狀況「正如自己的預料」，以此挑釁賭博之神。憑藉著天才級的起死回生策略，斐伊發動了與賭博之神的一對一戰鬥。同一時間，世界各都市均發生使徒無法脫離「眾神的遊戲」的異常狀況。「無敗的吾來找你玩了」──不僅如此，由於更「規格外」的存在也來參戰，使得斐伊的遊戲即將迎向全新局面──！
讓人掌心冒汗的心理戰，從人 VS 人到人 VS 神的二連戰！大受好評第 2 彈！ 被在現代復活的前神明蕾茜指定為搭檔，少年勢如破竹地連續攻略 2 場「眾神的遊戲」，一舉成為世界最受矚目的存在。但其他使徒受到刺激，變得踴躍參加遊戲，結果害斐伊等人暫時無法在自己的城市活動。為了解除蕾茜的遊戲癮頭，決定遠赴其他都市遠征。單方面視斐伊為勁敵的黑衣男子達克斯登場，借用友誼賽的名目，將斐伊等人捲入高度的心理戰之中。擔任斐伊的搭檔，挑戰這場賭上尊嚴的戰鬥的人──竟然是帕兒！面對這場令人不安的戰鬥，帕兒的意外性會爆發嗎！？然後，等候他們的下一場「眾神的遊戲」又是──？
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在真正的敵人艾伯特的籌畫下，數不清的幻想生物從大樹誕生墜下。
面對這些侵蝕世界的存在，除有京花、耶麗絲、雷雷等人相助之外，
曾經為敵彼此交手過的涅克薩爾、禰鈴，甚至奇里榭也都為了守護SIREN攜手抵抗。
另一方面，感應到大樹的胎動，沉眠於飛兒體內的真天使菲歐拉米莉絲開始覺醒，
打算犧牲自身封印大樹──
「你明白了嗎，米索拉？所以說……這就是宿命。」
為了阻止真天使那悲壯的決心，潛藏於米索拉體內的「方程式」現在就要釋放真正的力量及作用。
體內存在著天使的少女與癒合世界的少年，兩人的故事步入佳境！