幽世，一個鬼怪、神靈等「怪異」與人共生的異世界。「漢方」診療科的藥劑師空洞淵霧瑚偶然來到幽世，在這裡，他利用自己的經驗解決了鎮上神秘的「吸血鬼」事件。在巫女御巫綺翠的幫助下，空洞淵漸漸習慣了異世界的生活。這次來尋求幫助的，是一個有著「孕育神之子」傳統的村莊……在職藥劑師之作，漢方×異世界×醫療推理第二彈！

專攻“漢方”的藥劑師空洞淵霧瑚，終日夾在傳統與現代醫療之間鬱鬱不樂。某日，他在下班路上邂逅一位不可思議的銀髮少女。“幽世的藥師大人，我來迎接您了”——等他回過神來，發覺自己竟已身處奇幻的異世界。此處的百姓正被神秘的感染病所折磨，而這究竟是疾病，還是怪異作祟？

在大企業墨丘利公司的邀請下，作為亞斯塔祿王國軍務部煉金術對策室室長，同時也是煉金術師的特蕾莎和青年少尉艾米利亞一同前往水上蒸汽都市——特利斯墨吉斯忒斯。據悉，墨丘利公司旗下的煉金術師斐迪南三世實現了通往神域的“第四神秘”——長生不老，並打算舉辦典禮公告天下。但就在典禮前夜，斐迪南三世的屍體卻在密室中被發現……

為了調查原初的煉金術師的寶藏，亞斯塔祿王國的煉金術師特蕾莎和艾米利亞來到水銀塔。沒想到前來此地的還有巴力帝國的煉金術師、調查“神隱”現象的聖騎士團、到訪的巡禮者以及一位令艾米利亞驚訝的故人。懷揣著各自目的的一群人，因一場暴風雨被困在孤島上的水銀塔中。而一夜過後，聖騎士團隊長被謀害，隨後幾個夜晚又陸續有更多人遇難……

在通關之前不可能退出游戲，Game Over 的話就代表著真正的「死亡」。將玩家囚禁在 VR 世界中，產生了眾多被害者的『SAO 事件』。

就在那裡，存在著發生在迷宮之中的「連續殺人事件」──

在《Alfheim Online》中開設了偵探事務所的少女斯琵卡（スピカ）和身為助手的我，偶然得到了某份手記。那是被關進存在於 SAO 中的難解的迷宮後所發生的、恐怖的凶行記錄。為了未解決的殺人事件的真相，我和興高采烈的推理狂斯琵卡一起，前往了事件現場的新生艾因葛朗特 20 層《陽光之森》一角的《迷宮館》，開始了推理，但……

謎團解開之時，就是將你的認知顛覆之時。SAO× 本格推理！