在法之書事件結束後，日本十字教魔法結社天草式十字淒教決定集體加入英國清教，並來到倫敦，但他們首先要面對的是英國清教所設置的特別入教測試。

但在測試前他們沒有想到這所謂的入教測試居然是一系列陰謀的開端……

新的冒險歷程就此開始！

歌琉多一行人戰勝了安娜塔西雅所率領、驅使舊世代魔法的最強集團『排解難題』後，重建海上水晶魔法學園葛摩諾亞，拾回喪失的昔日學校生活。眾人將於『先出事變』中所失去的種種謹記在心，並持續進行訓練，以對抗即將出現的下一波『威脅』。

「呼，咿，妳、妳為什麼連大氣都不喘一下啊……？」

「那我流一點汗會比較好嗎？我擦、我擦。」

然而，卻有人潛入校內，企圖將這份和平摧毀得支離破碎――役使阿努比斯的少女為『排解難題』其中一員‧安娜塔西雅的……親生妹妹！？

當歌琉多等人離開學校時，無人留守的新型學園船‧第二代葛摩諾亞遭受『威脅』大軍團團包圍。不對，船上並非無人，身受重傷化為水晶雕像並等待恢復原狀，歌琉多無可取代的舊友‧戟葉等人還在最下層船艙中。

這次遇上了真正的『威脅』，將發生何事還是未知數，儘管如此，歌琉多一行人仍然選擇奪回學校，但此時負責指揮全校師生的學生會長‧鏡華卻遭遇了另一項難題――一名若無其事地現身的美女，身為多國聯軍代表，也是將青澀的復仇者‧娜塔蕾娜捲入復仇輪迴之中的人物。

意即，她是人類一方的『幕後黑手』。

「我是芮德涅‧庫倫蒂，當我判定各位無法再戰時，將由我軍介入，並接手戰局。」