『把伊莉斯交給我吧。到頭來，你根本就沒有能力扶持不完全神性機關。

能夠做到這點的，世界上只有我一個人。』

就讀於寶條軍事學校傭兵科的貧窮學生「凪」，是個煩惱該如何轉系到機械工程科的機械愛好者。

好不容易撐過暑假前的定期測驗，他受班上同學之邀，被迫前往海邊（當然，無能女管家伊莉斯也一起）。

享受著海洋風情的眾人，在那裡認識了一位名叫莎拉的少女。

備受眾人照顧的她，和凪獨處的時候卻忽然大叫「閉嘴，愚民」，並顯露出本性來──

企圖獲得伊莉斯的少女，其真正身分和目的究竟是！？

這是人類對上幽幻種的生存鬥爭。而用來決定領導地位的霸權戰爭中，帝國選擇的代表是就讀寶条軍事學校的貧窮學生，也就是我——凪。不用說，並非我個人的力量受到高度肯定，而是因為作為我家的沒用女管家、同時也是帝國最後王牌的伊莉斯搭檔而被選上。在霸權戰爭的舞台——凱旋都市安裘，我與身為伊莉斯製作者的尤米學姊再度碰面。尤米學姊跟小不點聖女紗砂、以及武宮唐那國的薩莉將霸權戰爭拋在一旁，陰謀進行著「伊甸計畫」。儘管我與伊莉斯被邀請加入計畫，此時「偵測到幽幻種的反應。敵方個體數一千五百至兩千」。連考慮答覆的時間都沒有，幽幻種展開了襲擊——

自願反叛人類並率領幽幻種的人型機械體「劍帝赫凱特」。

與其戰鬥的凪，如今正住院治療中。

在女管家伊莉斯奮不顧身的照料下，右手臂恢復得十分順利，但遭到劍帝襲擊的紗砂及尤米卻身受重傷。

幾人的「伊甸計畫」因而延宕下來。儘管一心希望儘快出院，與劍帝再度交手──

「劍帝委託我收集你的資料。」

意料之外的人物竟是站在劍帝的一方？

對方透露關於赫凱特的計畫究竟是？邁向樂園的最終局面即將展開！

凪和伊莉斯目睹的景象，是上億……不，數量遠在其上的幽幻種，

牠們深紅的雙眼所染紅的天空。這便是人類與幽幻種最終之戰的前兆。

在唯一的希望「冰結鏡界」完成為止的十二小時期間，凪一行人決定展開最後的抵抗。

席伊、委員長和蜜卡兒的大顯身手。機神們的聯手、聖女的沁力以及薩莉的超人力量。

眾人團結一致，眼看著儀式即將完成。然而──面對最後呈現的「絕望」，伊莉斯對凪這麼說：

「如果在這場戰鬥中能夠活下來……請讓我──」

跨越千年的感情。人類與人型機械體的故事終於完結！

四分之三個世界，是死亡的世界——

就讀於寶條軍事學校傭兵科的我——貧窮學生「凪」，是個煩惱該如何轉繫到機械工程科的機械愛好者。某一天，我在廢料堆當中發現一具少女外型的女管家（女僕）機器人，於是便立刻帶回家裡進行維修。

「早安，凪。」——醒來的「伊莉斯」對我這麼說道。明明是個女管家（女僕）機器人卻完全不會做家事，而且真實身分居然還是軍用的人型機械體！？不會吧！？

——麻煩不斷的同居生活＆失控連連的學園生活，然後是實體不明的侵略者「幽幻種」——以人類的最終兵器姿態「神性機關」覺醒的伊莉斯，世界的命運就此寄托在她身上！