歌琉多一行人戰勝了安娜塔西雅所率領、驅使舊世代魔法的最強集團『排解難題』後，重建海上水晶魔法學園葛摩諾亞，拾回喪失的昔日學校生活。眾人將於『先出事變』中所失去的種種謹記在心，並持續進行訓練，以對抗即將出現的下一波『威脅』。
「呼，咿，妳、妳為什麼連大氣都不喘一下啊……？」
「那我流一點汗會比較好嗎？我擦、我擦。」
然而，卻有人潛入校內，企圖將這份和平摧毀得支離破碎――役使阿努比斯的少女為『排解難題』其中一員‧安娜塔西雅的……親生妹妹！？
水晶魔法──是一種最頂尖的魔法技術。透過以水晶花裝甲覆蓋全身，可達成各式各樣超越常理的驚人創舉。然而，歌貝歌琉多卻『陰錯陽差』地獲得了召喚出徹底服從型水晶少女・愛音的力量，而非單純獲得特殊裝甲。
「如果祭品大人打算一直吊愛音胃口的話，那愛音也差不多要進入叛逆期了。」
「你搞錯叛逆期的用法了。」
歌琉多等人就讀於教授水晶魔法的海上水晶魔法學園・葛摩諾亞，但在作為貴賓來訪的上一世代前輩、號稱世界最強的仰神魔法術者一上臺後，便對全校學生這麼宣告，為新舊世代之間的衝突揭開序幕──
「你們每個傢伙都庸俗無能，因此，我宣佈對葛摩諾亞下達廢校處分。」
當歌琉多等人離開學校時，無人留守的新型學園船‧第二代葛摩諾亞遭受『威脅』大軍團團包圍。不對，船上並非無人，身受重傷化為水晶雕像並等待恢復原狀，歌琉多無可取代的舊友‧戟葉等人還在最下層船艙中。
這次遇上了真正的『威脅』，將發生何事還是未知數，儘管如此，歌琉多一行人仍然選擇奪回學校，但此時負責指揮全校師生的學生會長‧鏡華卻遭遇了另一項難題――一名若無其事地現身的美女，身為多國聯軍代表，也是將青澀的復仇者‧娜塔蕾娜捲入復仇輪迴之中的人物。
意即，她是人類一方的『幕後黑手』。
「我是芮德涅‧庫倫蒂，當我判定各位無法再戰時，將由我軍介入，並接手戰局。」
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歌琉多一行人戰勝了安娜塔西雅所率領、驅使舊世代魔法的最強集團『排解難題』後，重建海上水晶魔法學園葛摩諾亞，拾回喪失的昔日學校生活。眾人將於『先出事變』中所失去的種種謹記在心，並持續進行訓練，以對抗即將出現的下一波『威脅』。
「呼，咿，妳、妳為什麼連大氣都不喘一下啊……？」
「那我流一點汗會比較好嗎？我擦、我擦。」
然而，卻有人潛入校內，企圖將這份和平摧毀得支離破碎――役使阿努比斯的少女為『排解難題』其中一員‧安娜塔西雅的……親生妹妹！？