「正義」を名乗る暗部組織との抗争。一方、麦野にある人物から連絡が――。

夏の終わり、アジトを爆破されて家出少女となったアイテム。新たな仕事を受けるも「正義の味方」を名乗る競合相手に手柄を奪われてしまう。そんな中、麦野のもとに「表の学校」の友人から連絡が……。

ITEM 迎來了新的委托。阻擋在她們面前的，竟是能夠操控心靈的金發少女！？

正式成為 ITEM 的四人接到了新的任務。

目標是在網絡上暗中活躍的美人結婚詐欺師「蜂蜜女王」。她將手伸向了能力開發的機密，且傷害了「原子崩壞」的能力開發人員。被一直小瞧下去不是暗部的作風。因此，麥野決定接下這份委托。

就在她們接受委托時，ITEM 的據點突然遭到了敵襲！盡管成功抵擋了首波攻擊，但敵方的進攻並未停止。有種像是被敵人誘導的違和感侵襲著麥野她們。

接下來，出現在被逼入絕境的 ITEM 面前的是，因在「暗部」中過於異端，而被研究機構驅逐的前「原子崩壞」首席研究員──。

這是，生活在學園都市「暗部」的少女們的故事──

將「超能力」視為「一般科學」的「學園都市」。在和平的表面下，存在著「暗部」組織，他們肩負無法公之於眾的任務。

「ITEM」──由四位少女組成的精銳部隊。瀧壺理後能夠讀取與追蹤能力者所散發出微弱力場。芙蘭達・塞維倫則擅長使用炸藥與陷阱來戰斗。而絹旗最愛作為防御擔當能自如地操縱氮氣。然後就是學園都市引以為豪的超能力者，七人之一的麥野沉利。在學園都市的黑暗中自由生活的她們，悄悄地鎖定了目標──！

「我・一・定・要・宰・了・你」

這是講述著少女們的相遇、友情與黑暗，而在不久後引發了「淒慘事件」的故事。