二〇一九年八月。人類初次接觸的地球外有機生命體，以復數墜落至地球上的幾座城市內。之後被稱為「第三只眼」的那個球體，會賦予跟它們接觸的人現代科學無法解答的「力量」。

有人得到連聲音都能超越的「速度」。

有人得到連鋼鐵都能斬斷的「刀刃」。

還有人得到可以咬斷萬物的「牙齒」。

十七歲的少年——空木實也是其中之一。他唯一的心願，以及得到的能力……

就是「孤獨」。

那股「力量」可以實現「絕對孤獨」，卻將實卷入他不希望的戰爭之中。跟義姐平凡卻安穩的日子遭到破壞之際，實將以絕對的「孤獨者」之姿覺醒——！

即使身陷敵方組織「紅寶石之眼」最強能力者「液化者（Liquidizer）」的陷阱，實仍然逃出了九死一生的危機，卻因此付出「折射者（Refractor）」小村雛身受瀕死重傷的代價。

冠以「孤獨者（Isolator）」這個代號的實曾擁有「想從大家的記憶中消失」的願望，不過與雛並肩作戰，與同學箕輪朋美重逢，以及與姐代母職的義姐典江交流，讓他找出自己存在於世的意義，並且祈求雛能夠早日康復。

然而，世界並不會等待實這種心境上的變化。危險的黑影悄悄逼近少了成員的「特課」。

「刺擊者（Stinger）」——實與由美子將要挑戰真實身份不明、目的成謎的敵人！

「我喜歡『特課』的人們。拜托你，實同學。請你守護大家。」

「孤獨者（Isolator）」——也就是空木實，成功打倒了兩只凶惡的紅寶石之眼。而這樣的他，被擁有同樣能力的「同伴」所聚集的厚生勞動省安全衛生特別課——通稱「特課」的組織挖角了。

實跟號稱「特課」最強能力者的「折射者（Refractor）」小村雛搭擋，挑戰潛入敵方藏匿處的作戰行動。他在那裡目擊到的是，最強最惡劣的敵人「液化者（Liquidizer）」意外的真實身份……！陷入九死一生的絕境，實跟雛的命運將會……！

被謎樣地球外有機生命體寄生的少年——空木實用自身的能力「孤獨」當武器，艱辛地戰勝了人類之敵「紅寶石之眼」。

那一天，「加速者（Accelerator）」由美子邀請他加入「組織」。組織的職責是撲滅會加害人類的「紅寶石之眼」能力者。受到一起戰斗的請托後，實答應加入，卻要求了某個交換條件。

那就是，消除他自身的「存在」。他不斷追尋著「沒人認識自己」的世界……

實的下一個敵人是最危險狡猾的敵人——操縱「氧氣」的「發火者（Igniter）」。懷抱著絕對「孤獨」的少年將何去何從——

真面目不明的紅寶石之眼「刺擊者（Stinger）」──對同胞紅寶石之眼也會張開獠牙的最凶之敵與實等人的「特課」，以及「組織」的三方混戰熾烈無比。

實艱辛地擊退「刺擊者」，也抓住了組織的紅寶石之眼「凝結者（Trancer）」，但安穩的日常生活卻仍然離他很遙遠。因為，組織的重要人物「液化者（Liquidizer）」現身了。

「我想救出凝結者，在他被殺掉前。」

她以「刺擊者」的情報作為交換條件，向實提出一項交易。被評價為最強紅寶石之眼的「液化者」與「孤獨者（Isolator）」實，敵對的兩人即將聯手並肩作戰──！