電影節失利後，瞳島眉美離開指輪學園，獨自潛入私立阿切裡女子學院執行「間諜」任務。她發現，這所以培養「大和撫子」聞名的傳統名校，在胎教委員會的影響下發生了巨大的變化：校服被改成男裝，老師們被趕出校園，課程內容也變得荒誕不經。為了改造學院，學生會會長加賀屋綺羅輝提出了石破天驚的「M計劃」。該計劃不僅模糊了藝術與現實之間的邊界，更挑戰了道德的底線，引發諸多倫理爭議。

這一計劃讓瞳島眉美感到深深的不安，她決定無論如何也要阻止這個計劃的實施，即使這一次她必須獨自面對那些隱藏在陰影中的勢力......

「沒有我們解不開的心結與謎題！」

少女遇見了五位瀟洒又耀眼的美少年──

在他們之中，你會喜歡上誰呢？

一顆只出現在十年前的新星，一名尋找著這顆星的少女──

私立指輪學園國中部二年級的瞳島眉美。

她將想尋找的東西委託給解決校內所有衝突的非正式、非公開、非營利、

傳說中充滿謎的組織「美少年偵探團」。

這五位「美少年」個性五花八門，但實際上卻是校園所有衝突的元兇？

被他們包圍的日常，既熱鬧又危險的毎一天就這樣開始了。

清爽的青春推理小說，在此開演！

解開謎題，若能見你展顏便是圓滿結局！

西尾維新筆下最光芒璀璨的團隊——美少年偵探團的傳奇篇章，於此迎來最終回！

正式成為美少年偵探團新成員的瞳島眉美，這天在團長雙頭院學的召集下，無奈地參與到了美術室天花板大掃除的工作中去。正當這項工程如火如荼地推進時，成員們竟然在美術室的天花板上發現一扇暗門，天花板裡面藏着的是三十三張不知出自何人之手的奇妙繪畫。隨着對這些迷之繪畫的探索，美少年偵探團的團員們驚訝地發現，這些奇怪的繪畫竟然與七年前學園發生的一起神秘事件有關……