八尋與彩葉抵達京都後，等著他們的是率領藝廊歐洲總部人員的比利士侯爵優西比兀。 與統合體串通的他為搶奪妙翅院迦樓羅持有的遺存寶器，對天帝領展開侵略。 八尋等人潛入天帝領要救迦樓羅，便在那裡得知龍之巫女與世界的真相。 這時候，一直沉睡的鳴澤珠依遭受投刀冢襲擊，終於醒來。 為了阻止有意摧毀世界的珠依，八尋與彩葉前往肇端之地，亦即二十三區的冥界門，不料──！
那天，巨龍現身在東京上空，造成了日本這個國家瓦解的開端。 被稱作魍獸的怪物大舉出現，加上世界各地掀起的「大殺戮」導致日本人滅絕，日本全國因而淪為由各國軍隊與犯罪組織佔領的無法地帶。 八尋是少數倖存的日本人。淋到龍血的他獲得了不死之軀，便在化作無人廢墟的東京以搬運藝品為業，過著孤獨的「拾荒人」生活。 自稱藝品商的雙胞胎少女茱麗與珞瑟拜訪了八尋。 她們倆委託八尋幫忙回收有能力統領魍獸的神秘存在「櫛名田」。 少年與少女在廢墟都市相見交織出的新一代龍與弒龍者的故事，隆重揭幕！
原本彩葉當直播主一直默默無名，影片播放數卻在一夜之間突破百萬。 這背後有人稱「山道」的爆料系直播主──山瀨道慈暗中活躍。 彩葉身為龍之巫女一事通過山瀨的影片被公開，這將使她成為全世界覬覦的目標。 為防止情資進一步外洩，八尋動身要尋找山瀨，卻反被連合會當成連續殺人案的兇手拘拿。 在缺了八尋的當下，藝廊的日本分部遇襲。新的不死者們隨之出現，要向八尋索命。 山瀨想讓世界陷入混亂的真正意圖是──
八尋在與軍火商比利士藝廊締結弒龍契約以後， 拜訪了由民營軍事企業公會統治的城市──橫濱要塞。 在那裡等著八尋的是「沼龍巫女」姬川丹奈，以及第三名「不死者」湊久樹。 這時候，彩葉則接到了來自歐洲大企業基貝亞公司的聯名合作提案。 然而基貝亞公司是倖免於難的日本人流亡政府「日本獨立評議會」的贊助者， 其目的在於將彩葉拱為日本再次獨立的象徵。 而且在日本獨立評議會的背後，另有新的龍之巫女與不死者的影子──！ 少年與少女在廢墟都市相見交織出的新一代龍與弒龍者的故事，第二集揭幕！
八尋等人前往京都尋找讓魍獸化的日本人復活的手段。 然而比利士藝廊的裝甲列車被駐留於名古屋的中華聯邦軍絆住。 因魍獸不停攻擊而感到頭痛的中華聯邦軍要藝廊交出山龍的遺存寶器當作通行費。 不過，這時候遺存寶器已經與絢穗相合，跟她完成了一體化。 為保護絢穗，八尋與彩葉決定出面查明魍獸攻擊的原因。 於是，他們倆在魍獸群生地深處發現被封印的古代冥界門。 由於中華聯邦軍背叛，被推落冥界門的八尋他們在黑暗底部究竟目睹了什麼？
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八尋與彩葉抵達京都後，等著他們的是率領藝廊歐洲總部人員的比利士侯爵優西比兀。 與統合體串通的他為搶奪妙翅院迦樓羅持有的遺存寶器，對天帝領展開侵略。 八尋等人潛入天帝領要救迦樓羅，便在那裡得知龍之巫女與世界的真相。 這時候，一直沉睡的鳴澤珠依遭受投刀冢襲擊，終於醒來。 為了阻止有意摧毀世界的珠依，八尋與彩葉前往肇端之地，亦即二十三區的冥界門，不料──！