學園都市中最盛大的活動「大霸星祭」。這是位於超能力開發機構學園都市的所有學校，所共同舉辦的超大規模運動會。 上條當麻當然也參與了這項活動。但他的「不幸」依然健在，不但被肚子餓的茵蒂克絲咬，遭到大霸星祭營運委員吹寄制理譴責，還在比賽中被禦阪美琴放電攻擊……！？ 就在這時，某個魔法師為了神秘靈裝「刺突杭劍」而潛入了學園都市。 歐莉安娜·湯森。魔法業界的著名「送貨人」，人稱「追蹤封鎖」的她，到底有何目的？ 【刺突杭劍】 抽出處刑與刺殺的宗教意義，將之增幅並凝聚，集結至極限的靈裝。 傳說可以「龍刺穿並釘于地面」。 對普通人沒有任何效果。但對象如果是「聖人」，光是用劍尖一指，無論距離多遠，瞬間就能結束對方的生命。 【大霸星祭】 由總人口數兩百三十萬人的超能力開發機構：學院都市裡的所有學校，共同舉行的超大規模活動（運動會）。 活動期限是九月十九日至二十五日這七天。

上條當麻於「黑暗的密室」中醒來。 把他送來這裡的人是多面諜土禦門元春。 似乎又有敵對魔法師潛入學園都市，打算以帶進來的靈裝毀滅這裡。 接受了「阻止靈裝的大規模法術」這項「使命」的上條， 在只剩數小時的緊急狀況下，急忙逃出「黑暗的密室」。 不過出現在他眼前的卻是名門女校更衣室…… 他還被當成了大變態，就在以為走投無路的瞬間， 非常「幸運」地有人伸出了援手。 食蜂操祈。就讀常盤臺中學的少女， 學園都市第五名的超能力者「心理掌握」。 這次相遇究竟是偶然，還是「某人」操作下的必然？

8月31日。 這一天，一方通行在巷子內遇到一名奇妙的少女。不知為何，那張臉看起來有點眼熟…… 這一天，禦阪美琴在學生宿舍前被一名男生搭訕。不知為何，那個男生看起來超清爽…… 這一天，上條當麻在家裡感覺到這天是個相當不幸的日子。因為今天才想到暑假作業根本還沒做…… 8月31日，學園都市的暑假最後一天。 所有人的故事，一起揭開了序幕——！ 鎌池+灰村搭檔的學園熱血話題作，第五集登場！

世界毀滅了。 　　歐提努斯的支配完成了。 　　成為戰鬥舞臺的搗蛋鬼根據地—— 　　浮在東京灣上的「海上墳場」消失了。 　　不僅如此，連整個世界都消失得無影無蹤。 　　同行的茵蒂克絲、禦阪美琴、蕾莎與柏德蔚等人，當然也消失了。 　　在充滿一致性的黑暗空間里，只剩下上條當麻。 　　理由只有一個。因為他擁有既是世界基準點也是修複點的「右手」。 　　對於成神的歐提努斯而言， 　　上條當麻的存在已經提不起她半點興趣。 　　少年以往的逆轉戲碼，沒有半點上演的可能性。 　　這里就是這樣的「世界」。 　　而且。 　　而且。 　　而且。 　　這是一個打擊上條當麻心靈的故事。

上條等人將挑戰肆虐學園都市的「復活的羅森克魯伊茲」！ 無論是魔神、超絕者、超能力者，還是魔術師。所有這些存在都無法與之匹敵的存在——CRC（克里斯蒂安•羅森克魯伊茲）。 這位銀髮青年擁有可怕的力量，甚至能夠瞬間擊殺強大的愛麗絲。他漫步於學園都市，以「消遣」為名肆意蹂躪人們。他的目標直指那在青蛙醫生的醫院裡沉睡的安娜＝舒普倫格爾，並計畫將她抹殺。 上條無法捨棄曾經是敵人的少女，絕對不能。在絕望的局勢下，他毅然站在CRC面前阻擋。到底，有誰會回應他的呼喊，成為他的「夥伴」呢……！

由上條當麻與吹寄制理的日常生活話題為開端， 變成了全班的火鍋派對，可是卻讓小萌老師大為困擾!? 在倫敦，由魔法師少女們所交織的混亂（？）一天是怎麼回事？ 墜入學園都市黑暗面的一方通行。等待著他的是什麼？ 跟放電國中妹長得一模一樣的容貌。 她來到學園都市的理由是？ 補完《魔法禁書目錄》本篇的SS系列登場， 收錄4個短篇故事。

在背後操縱全世界的「搗蛋鬼」所造成那些「威脅」—— 　　夏威夷的恐怖攻擊、 　　巴蓋吉城的「實驗」、 　　搶奪沈眠於學園都市的「不死存在」——這一切全都有理由。 　　「主神之槍」。 　　為了阻止魔神歐提努斯的最終目的——制造神槍， 　　「差點成為魔神的男人」歐雷爾斯喬裝成雷神索爾， 　　入侵「搗蛋鬼」的根據地海上墳場展開調查。 　　世界毀滅的倒數計時已近在眼前。 　　另一方面，學園都市的劣等生上條當麻早上在自家醒來時， 　　卻發現蕾薇妮雅（稚嫩少女）與蕾莎（情色少女）也在同一條被子里？

11月。又到了舉辦超大規模文化祭「一端覽祭」的季節。 上条當麻在這個時間點，才總算回到學園都市。 結束因俄羅斯引發第三次世界大戰而展開的「對搗蛋鬼遠征」後， 總算得以跟茵蒂克絲和御坂美琴回歸溫暖而平穩的日常生活。 雖然上条當麻是如此樂觀，卻因為意料之外的人物突然現身， 讓他的願望徹底煙消雲散？ 出現在他面前的最強「敵人」究竟是誰？

英國清教「必要之惡教會」最高主教勞拉‧史都華，發布了「禁書目錄召集令」。由於連接法國與英國的歐盟隧道發生了爆炸事件，任務便是與英國「王室」共同進行調查此事。 　　接到命令的茵蒂克絲與她的保護者上條當麻，搭上了前往英國的班機。兩人正享受悠閑的空中之旅時，機上卻有神秘人物意圖劫機……！除了全力填飽銀發修女的空腹，還得試圖解決問題的上條，他的命運將會如何？ 　　這次的「不幸」，將在英國揭幕！

在學園都市、「橋架結社」、阿雷斯塔爾面對超乎尋常的敵人時，上條將如何行動？ 在意外保護了被稱為「惡意化身」的安娜的上條，自然而然地陷入了前所未有的危機。站在他面前的是三大「威脅」過於強大。 「橋架結社」的絕頂者專用刺客穆特•泰貝。新任總理事長·一方通行（加速器）管理下的學園都市。阿雷斯塔爾·克勞利和安娜的天敵·金斯福德。然而，安娜本人卻出奇地從容，不僅僅是逃跑，看來她有某種能夠扭轉局勢的秘策。那是只有「惡女」才能想到的手段——!! 終於揭露了「橋架結社」的真正目的！還有不可忘記的、對「禁書目錄」傾倒的女神阿拉迪亞也是最新卷不可或缺的元素！

「呃——根據『入場者編號』的結果，您的指定數字中了頭獎！獎品為『北意大利七天五夜雙人行』，恭喜中獎！」 大霸星祭的最後一天，只有「不幸」這件事能引以為傲的上條當麻，居然抽中了海外旅行的雙人票。 意料之外降臨的幸運，讓上條與茵蒂克絲情緒HIGH了到最高點。舞台也因而轉移到亞德里亞海的「水都」威尼斯本島！嚮往的意大利假期，是否會發生令人臉紅心跳的艷遇！？ 當上條當麻與幸運女神交會之際，故事即將開始——！

上里翔流銷聲匿跡後過了三天。 　　上条轉而面對下一場戰鬥，然而在前方等待著他的，卻是以身穿泳裝的食蜂操祈和御坂美琴為首，全是千金小姐的常盤台中學……？ 　　季節是冬季，儘管是十二月──學園都市的氣溫卻超過攝氏五十度。 　　原因不明的大熱浪，讓學園都市的各種設施停擺，就在這時，「無法預測的威脅」到來。 　　元素。 　　在炎熱地獄裡徘徊的異形怪物。 　　即使擁有唯一能夠對抗他們的「右手」，來到激戰地點的上条依舊寡不敵眾。 　　當他窮途末路時，出現在眼前的，是穿戴著異形機械「反魔法式驅動鎧甲」的那名少女……

「這麽說來，第一次遇見『他』也是在那個路口吧？」 　　食蜂操祈和上條當麻初次邂逅， 　　是比司掌大量魔道書的白衣修女逃出魔法世界從天而降，還要更早以前的事。 　　直到現在，食蜂操祈依然記得——自己與刺猬頭少年的回憶。 　　一開始，她還以為那是種新的搭訕方式。 　　某一次，她的泳裝模樣被對方看見。 　　某一次，她用包包狠狠地敲了對方的頭。 　　某一次，她體驗到了間接接吻。 　　而最後—— 　　對方救了她的命。 　　那是她生命中數一數二的「幸福時代」。 　　是最強精神系超能力者「心理掌握」寶貴的「記憶」。 　　解開食蜂操祈過去的故事，如今開始。

某個夏日黃昏，在補習回來的路上，投銅板買果汁卻被自動販賣機吃錢的上條當麻又開始感慨自己的不幸，但這時他卻被「放電國中妹」禦阪美琴給叫住。然而更讓上條驚訝的是，美琴居然還有一個長相一模一樣的妹妹！ 這三個人的相遇，卻也揭開了一件由超能力者所引發的殺戮慘劇事件序幕……

學園都市的支配者盯上土御門元春與府蘭。 　　躲進上条當麻家裡的兩人，最後決定嘗試逃離學園都市。 　　然而，身穿綠色手術衣的男子絕不會放過他們。 　　男子的毒牙──魔法「罪業」造成的攻擊，逐漸侵蝕土御門的妹妹舞夏。 　　為了突破困境，上条和土御門決定闖進學園都市統括理事長的根據地「沒有窗戶的大樓」。 　　在那裡等著他們的，則是彷彿象徵支配者精神般的巨大虛無空間。 　　帷幕終於拉起。 　　接下來要上演的，是亞雷斯塔．克勞利的故事。

追蹤牛仔褲之狼的神裂、與奇怪的賣草少女相遇的上条刀夜、 強度微妙的等級5超能力者第七號、 在決心殺人的少女面前出現，自稱「御坂」的男性、 被打混的美容師搞到火大的白井、 愛上無法成為「魔神」的善良男人‧半藏的少女小郭、 向初春挑戰的駭客少年、受到修長美女仰慕的砂皿緻密、 熱愛血型占卜的御坂妹妹們、在某方面覺醒的雪莉、 與絹旗一起看電影約會（？）的濱面… 補完本篇的外傳SS系列第二彈！

倫敦——茵蒂克絲所屬的「英國清教」大本營。而這個魔法之都，卻因以騎士團長為首的「騎士派」發動叛變而遭到攻陷。影響所及遍布全英國，陷入了連市街中一般市民也被軍方拘禁的異常事態。在「騎士派」進行的「變革」漩渦中，擁有魔法師的「清教派」在各地的抵抗戰依然持續著。 為了搭救茵蒂克絲，而前往福克斯通的上條當麻，終於來到叛變的主謀面前。在那里的是「神之右席」成員後方之水。而且他兵戎相向的對象，是英國王室第二皇女凱莉莎！

羅馬正教「神之右席」中的一人「前方之風」侵入的學園都市。她所操縱的謎樣魔法造成都市機能完全癱瘓，大部分的人被奪去了意識而倒下。 她的目標，正是上條當麻這個羅馬正教正式認定的敵人。 與此同時，最強的超能力者一方通行，為了守護支持他的少女「最後之作」，與科學家木原數多率領的武裝集團「獵犬部隊」發生激烈的衝突。 魔法與科學，兩件慘事同時發生在學園都市…… 上條當麻、茵蒂克絲、一方通行、最後之作。四個人四種想法交會之際，故事就此開始！

當上條當麻醒來的時候，他就已經身處醫院，雖然自己和魔法結社“薔薇十字”的安娜·施普倫格爾唇齒相交的事情仍存在於記憶中……。 但是請等下。 聖誕平安夜。 作為一個處於思春期的健康男性高中生，上條當麻為一個謎之美女獻出了自己的初吻—— 過了一段時間的現在，把他送到醫院的禦阪美琴和茵蒂克絲，甚至當時不在現場的蜂蜜色少女都來到了這里！科學和魔法交錯的聲討大會即將開始——本來是這麽以為的，不知為何卻變成了美少女們的看護狂潮！？覺察了安娜目的的美琴和食蜂，水火不容的二人為了同樣的目的而聯手！在此，最強的超能力者（Level 5）組合誕生！！

十一月五日的學園都市。上条當麻、一方通行，以及濱面仕上三人終於會合。 但是那正意味著三人必須分別針對「你們在搞什麼鬼」這個問題， 為擔心他們的那群女孩進行調停和善後…… 上条情緒莫名高漲地向緊握著遺物──暈太手機吊飾、意志消沉的美琴搭話， 因此見識到了超電磁砲地獄。不僅如此，他竟然用同樣的態度向茵蒂克絲搭話…… 濱面則是終於被持續進行「輸了就要穿上可恥的兔女郎裝！遊戲」的麥野等人發現了行蹤。 但在她們身旁，卻出現一名和應該早已身亡的前「道具」成員芙蘭達一模一樣的少女…… 一方通行對聞風而至的最後之作和番外個體感到莫可奈何， 然而平常總是喜歡插嘴挑剔的番外個體，在上条面前卻變得乖巧順從， 讓他不禁覺得煩燥……

羅馬正教的黑暗部「神之右席」的後方之水終於行動了。這個兼具「聖人」力量與「神之右席」的「特性」，最強大、最難纏的敵人，為了上條當麻的「右手」而侵入學園都市。 接到後方之水事前宣告的英國清教，派出天草式十字淒教的五和擔任上條的保鏢。住進上條家以便護衛的五和，憑着精湛的料理技術與貼心的照顧，甚至威脅到老是白吃白喝白住的修女茵蒂克絲。看到天差地別的兩人，讓上條不禁流下兩行清淚…… 然而，和平的時光並不長久，最強、最大的敵人終於出現了……!!

「我的『理想送別』和你的『幻想殺手』一旦碰上，贏的會是哪邊呢？」 　　在右手甚至凌駕於神的兩名少年爆發衝突後，過了一晚。 　　上条當麻與上里翔流彼此毫不相讓，在學校餐廳拿著菜單對瞪？ 　　比起賭上世界的戰鬥，面臨留級令上更感威脅而無暇他顧。 　　然而另一方面，上里則不知為何表現得十分友善。 　　這是要出人意料地轉為熱血友情路線嗎？ 　　就在產生這種感覺時，有個半裸雨衣少女出現在街上。 　　這名半裸少女的真正身分…… 　　並非神祕的第三勢力，而是連上里都畏懼的妹妹去鳴──！

這裡是令所有學園都市女學生們，稱羡不已的貴族女校常盤台中學。想當然爾，這裡的學生都是「千金大小姐」。「千金大小姐」之一禦阪美琴上完了體育課，來到浴室沖澡。這時，隔壁傳來了少女的說話聲。 白井黑子。身為維護學園都市治安的「風紀委員」，同時也是擁有空間移動能力的等級4大能力少女。她邀約美琴放學後一同逛街購物 ──就這樣，黑子的漫長一日開始了。在這漫長的一日中，黑子輕輕揭開了姐姐禦阪美琴的神秘面紗…… 當「姐姐」與「那位先生」交會之際，白井黑子的故事就此展開！？

「一端覽祭」的準備期間結束，即將迎接正式開場。 同一時刻，在城市暗處的「事件」也開始發生。 有一群怪物圍繞著從亞雷斯塔的大本營 「沒有窗子的大樓」中， 旁徨離開的「不死少女」芙羅蘭而開始集結。 包括「搗蛋鬼」、魔法陣營與學園都市， 各方「最強」同時展開多場決戰， 由一群怪物所掀起的風暴， 將包圍正在舉辦「一端覽祭」的學園都市。 在其中，身負重傷的「最弱」上條當麻， 正為了追上芙羅蘭而奔走——！

大熱浪已過，學園都市進入復原模式。 　　「上里勢力」的少女們相信上里翔流必將回歸，隨心所欲地大鬧！ 　　追蹤高手「追蹤家」繪戀、擅長直接戰鬥，千變萬化的海盜少女琉華、運用網路操縱大眾的幽靈少女冥亞…… 　　她們雖遭木原唯一以「右手」威脅，受命殺死上當麻，但其中心思想並未改變。 　　奪回心愛之人──她們為了這個信念勇往直前。 　　少女們賭上一切襲擊而來，上則選擇逃離。 　　友軍只有「上里勢力」中唯一一個跟來的UFO少女府蘭。 　　在這種劣勢之下，才是發揮他真正價值的時候。 　　來吧，解救上里翔流。為了制止她們悲哀的失控，替這場爭鬥劃下休止符。

十月。 突然間，全世界的羅馬正教徒們組織在一起開展示威遊行。他們的目的，是要彈劾以學園都市為首的『科學陣營』。 世界一片混亂。一切的罪魁禍首是一件名為『C文書』的靈裝，得知消息的上條當麻和土禦門一起乘坐飛機奔赴法國旅遊城市亞維農。在亞維農，上條與天草式十字淒教的五和再度相會。正在他們尋找『C文書』之時，『神之右席』左方之地出現在他們的面前…… 科學與魔術交織之時，上條當麻的故事就此開始——。

大惡魔科隆尊本性畢露。亞雷斯塔被兇刃擊倒，世界的走向已經無可預測。雖然上條當麻和一方通行都已經站出來作出了抵抗…… 以蘇格蘭為中心的世界崩壞已然逼近，美琴和食蜂目擊到的沖突的結果則出人意料——！！ 另一方，掌握了一切的科隆尊也出現了無法識破的誤算。 濱面仕上，為了拯救在眼前消失的黛安·福瓊，作為貨真價實的Level 0，那個無法預測的搗蛋鬼行動了起來。 世界的命運已然托付到了三個主人公的身上。“新約”的一切相互交錯之時，最大的決戰就開始了！！

擁有破格力量的大姐姐們竟在學園都市之外的澀谷展開了上條爭奪戰！？ 十二月三十一日。 可靠的前輩雲川芹亞竟邀請身無長物的不幸少年上條當麻前往澀谷打工？！ 可是，這座相對學園都市來說顯得極為客場的城市中，「那個」愛麗絲的同伴，想來就極端強大的魔女阿拉蒂婭陡然襲來。對方的目的是取走上條的性命——！！ 喧鬧的澀谷大街上，阿拉蒂婭的右手在剎那間就破壞了少年的身體，徹底地殺掉了上條當麻……本應如此發展時，超性感大姐姐博洛尼魅魔對上條伸出了援手？！於是，上條牽住大姐姐的手，開始了地獄般的逃亡之路！

學園都市的新學期第一天。 那是上條當麻的學校裡，出現「神秘轉學生」的日子；是茵蒂克絲首次交到「朋友」的日子；是禦阪美琴與茵蒂克絲兩人首度面對面的日子；是夾在她們兩人之間的上條當麻依舊不幸的日子；是旁觀事情發展的白井黑子嫉妒上條的日子……然後，也是某個魔法師向學園都市襲擊的日子！ 「神秘轉學生」、「朋友」，以及某個魔法師。 在特別警戒宣言下的學園都市，當科學與魔法交會之隙，上條當麻的故事就此展開——！

這裡是將「超能力」認知為「一般科學」的反超自然學園都市。 一名白衣修女從天而降，來到高中生上條當麻的房間。但那名修女裝扮的少女卻表示，她是從魔法的世界逃到這裡來的。 上條對這個自稱是「禁書目錄」的神秘少女的言行相當懷疑，然而真正的「魔法師」，卻在兩人眼前出現……！！

以第三次世界大戰為契機， 反學園都市勢力在各地摸索各種形式的抵抗運動。 反學園都市「科學護衛」的27間企業在東歐舉辦的「天擇者」比賽， 目的就是透過淘汰制的異種格鬥大會， 以「證明淩駕超能力的『異能』」。 完全就是想從根本上將學園都市破壞。 並藉由融合魔法與科學的組織「搗蛋鬼」之手，來推動這項謀略。 但學園都市絕不容許如此的行為。 這是由各為僅有三人的「木原」與「搗蛋鬼」， 引發了一發不可收拾，最為糟糕的騷動。

羅馬正教的暗部「神之右席」最後一人，右方之火。他策劃的「計畫」終於啟動了。 第三次世界大戰下的俄羅斯上空，飄浮著一座巨大要塞「伯利恆之星」。 不僅是十字教信徒，被稱為全世界人類「救贖」的那座要塞，卻代表將會引起人類史上前所未有的大災難。 右方之火稱之為「淨化」的謀略正在蠢蠢欲動，三名少年則懷抱著各自的信念繼續戰鬥。 濱面仕上在瀧壺理后的治療結束後，為了防範克里姆林報告於未然而採取行動，但卻遇見了宿敵麥野沉利。 一方通行好不容易擊退大天使米夏，終於發現了解救最後之作的「某種解法」。但那卻是種禁忌的做法。 另一方面，上?當麻了阻止「伯利恆之星」計畫，同時也為了解放茵蒂克絲， 決定獨自向右方之火挑戰……！

濱面清醒時，發現自己從頭到腳都裹在貼身的特殊服裝裡卻脫不掉。 　　他被牽扯進某樁犯罪中，不僅四處逃竄，甚至得與一方通行為敵，又在途中多扛了新的麻煩──那就是被人棄置路邊的小嬰兒。 　　嬰兒手腕的名牌上刻著L開頭的六個字母。 　　笨蛋流氓濱面究竟能不能讓穿著迷你裙聖誕裝的巨乳女友瀧壺理后察覺到是自己？ 　　另一方面，上条則身陷絕境。他遭遇不知為何化為極致美少女，而且心態完全不像個大人的亞雷斯塔逆向性騷擾。 　　對方雖是宿敵，卻也是個水準頂尖容貌出眾的美少女，刺蝟頭該怎麼辦！

「搗蛋鬼」。融合魔法與科學、世界規模的敵對勢力。 第三次世界大戰後突然出現的神祕組織，似乎暗中活躍於美國的第五十州夏威夷。 在英國黃金魔法結社「黎明晨光」首領蕾維妮雅的前導下，上条等人浩浩蕩蕩前往夏威夷。 成員有上条當麻、御坂美琴、一方通行、濱面仕上、番外個體、黑夜海鳥。 然而，在他們抵達新檀香山國際機場後，搗蛋鬼的魔法師開始發動襲擊。 搗蛋鬼在水面下進行陰謀。美國陣營中唯一發現那項陰謀的男子， 開始探索隻身抗戰的方法。男子是個情緒高昂、得意忘形的傢伙── 羅伯特．卡崔。他是眾所周知的美利堅合眾國總統。

亞雷斯塔毫不猶豫就拋棄自己的根據地──學園都市， 　　對魔法大國英國展開總攻擊。 　　這場乍看之下慘無人道的作戰， 　　不知為何卻能看見上條、茵蒂克絲、一方通行、濱面及瀧壺的身影── 　　力量凌駕於大天使愛華斯之上的大惡魔克倫佐，封印將在不久後解開。 　　儘管非得在那之前從倫敦找出其弱點不可， 　　但是對於大惡魔附身對象蘿拉所率領的英國清教而言， 　　這怎麼看都是來自科學陣營的侵略。 　　上條面對一場無人期望的決戰。 　　在激戰之中，解救他脫離困境的竟然是舍監系溫柔傻大姊──奧索拉？

亞雷斯塔終於抵達了擊敗大惡魔科隆尊的關鍵地點，威斯敏斯特大教堂的墓地。在那裡他看到的是—— 世界最大的魔法結社『黃金』的首領，馬瑟斯。本應一百年前在因緣之地·布萊特大道就已完全與之一刀兩斷的男人。 不僅是馬瑟斯。他所率領的強大的『黃金』魔法師們也一齊向科學側的首領亮出了鋒利的獠牙。以魔法的手段無法戰勝馬瑟斯。儘管亞雷斯塔無計可施，但開闢了科學的領土，在那裡耕耘積累的一百年並非白費功夫。 上條當麻與一方通行。作為在科學側的大本營·學園都市積攢下的『成果』，兩人終於與最強的勁敵馬瑟斯正面相對——！

處理在學園都市暗部所發生事件的「集團」。由最強等級5超能力者一方通行，以及既為魔法師也是能力者的土禦門元春等人所構成的這個小組，針對「龍」這個關鍵詞開始進行調查。他們相信，這是能打破目前「狗屁倒竈」現狀的唯一手段。 　　另一方面，高層也有人對他們的擅自行動開始感到煩躁。這個人正是擁有學園都市最高權力的統括理事會成員之一。他的強大勢力，開始向「集團」張牙舞爪… 　　同時。前「道具」的成員濱面與絹旗，前來探望瀧壺。這時，突然出現濱面的「熱愛兔女郎疑惑」。把無言以對的絹旗與瀧壺帶到別處，濱面拚死的解釋能奏效嗎……？ 　　繼15集與SS系列後，「學園都市暗部」篇登場！

羅馬正教暗部「神之右席」最後一名成員右方之火 所引發的第三次世界大戰， 由於上条當麻的活躍，而終結了這場戰爭。 然而他卻隨著戰爭的終結而消失。 這裡是沒有上条當麻的世界。 魔法陣營重新整編、改善，安寧的日子終於又再度降臨信徒身邊。 而離開黑暗的這群「畢業生」，終於獲得了平穩的生活…… 直到兇狠的「新生」出現在他們面前為止。

由於亞維農的侵攻作戰，造成學園都市沒有了治安部隊。成為無法治地帶的此地，黑暗組織在暗中活躍。 ——為了自己行動的人。 ——愛好黑暗，以嗜殺為樂的人。 ——意圖打碎他人希望的人。 ——為了重要的人而戰的人。 ——向上層挑戰的人。 ——想除掉叛亂份子的人。 ——試圖以暴力阻止失控的人。 在科學支配一切的這城市裡，能存活下來的是…… 當「集團」的等級5超能力者一方通行，與謎樣的組織「學校」相遇，故事就此展開──！

由傳說中的魔法師所記述，可以召喚天使的驚異魔道書「法之書」，與熟知解讀法的修女一起被擄走了。 對於在學園都市過着懶散日常生活的上條當麻而言，這根本是風馬牛不相及之事——原本應該如此，但卻「不幸」的因為某些原因，讓他加入瞭解救作戰…… 而擄人嫌犯是「天草式十字淒教」，也就是神裂火織擔任女教皇的宗派……！ 茵蒂克絲所屬的「英國清教」，這次的委託人「羅馬正教」，以及過去神裂火織曾經君臨的「天草式」。 當這三個魔法組織，與上條當麻產生交會之際，故事就此展開——！

俄羅斯宣布發動第三次世界大戰。 學園都市與俄羅斯的衝突，化為將全世界捲入的龐大規模。 在此背景下則有「神之右席」的最後一人，右方之火在行使政治操作。 在世界大戰的戰火中，依然有人在四處奔走。 學園都市的高中生上?當麻，是為了救出在右方之火所造成的靈裝奪取影響下， 而呈昏睡狀態的茵蒂克絲。最強的超能力者一方通行，是為了救出由於神祕人物「埃瓦斯」出現， 而承擔高負荷的最後之作。前暗部組織「道具」的跑腿濱面仕上， 則是為了想治療因濫用能力促進劑「體晶」而衰弱的瀧壺理后。 他們三人各懷不同的想法，奔向局勢緊繃的俄羅斯！在那裡等待他們的是……

上條當麻正在狂奔。 　　他騎著高科技自行車「巔峰單車」在學園都市內逃竄。 　　而在上條背後的，則是緊緊環住他的腰，不讓自己被甩下去的禦阪美琴。 　　──「巨大的黑暗」從兩人身後逼近。 　　「真正的魔神」，用足以超越次元的壓倒性破壞之力追逐上條。 　　上條與美琴已不是對手。但在這時，意料之外的人物伸出援手……！ 　　同時，與上條攜手合作的美琴內心那股不太平穩的「對上條的感情」開始讓她坐立難安…… 　　「搗蛋鬼：魔神來襲」篇！科學和魔法交錯之時，故事就此開始！

九月三十日一一季節變化終於來臨的學園都市， 菁英大小姐學校-常盤台中學的等級5超能力者禦阪美琴無視于周遭忙碌的氣氛，站在音樂廳前的廣場， 她正在等人， 但是， 「……沒來。」 應該接受懲罰遊戲的「那個少年」卻沒出現。美琴嘆着氣，抱著扁扁的書包跟小提琴盒一直等着那傢伙到來一」 當上條當麻與禦阪美琴交會時，有關懲罰遊戲的學園愛情故事會就此展開！？

想將世界化為粉末幾萬次都辦得到的真「魔神」。 　　而有個少年能瞬間抹消這些無敵的存在。 　　少年是「隨處可見的平凡高中生」，同時右手具備了最大最惡的「理想送別」。 　　這種能力和另一名「隨處可見的平凡高中男生」上條當麻的「幻想殺手」互為表里。 　　兩名少年在學園都市的黑暗中對峙。 　　掌握勝負關鍵的，則是蕾薇妮雅與派翠西亞──柏德蔚姊妹……？ 　　同樣身為極大異常的兩者，終於爆發激烈衝突……！

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